Alors que cette Huitième Guerre du Graal commence à s'enflammer, de nombreux mystères restent à son sujet. Si les premiers combats annoncent une guerre des plus explosives et risquées car des civils ont déjà été pris dedns et le secret de la magie pr'servé de peu, c'est bien dans l'ombre que se trouvent les véritables enjeux de cette guerre.

Darnic Prestone et Matou Zouken en créant ce nouveau Graal avaient bien conscience de sa différence par la manière dont ils l'ont fait. Mais des éléments pourraient leur avoir échappé, comme la présence d'anciens Masters décédés et revenus sous formes de réminiscences. Si le fait que les Graal les ait ramené est une certitude et qu'ils ont invoqués leurs propres servants, nul ne les a encore vu et ils peuvent surgir à tout moment. Mais est-ce le plus grand mal qui attend tous les participants ?

Dans la crypte de l'Eglise, un être s'est manifesté, un personnage froid et sombre dont la nature ne laisse aucun doute sur le fait qu'il n'est pas humain, est venu à la rencontre du Superviseur Kotomine Kirei. Qui est-il et quel son rapport avec le Graal ? Peut-être détient-il des réponses et des clés, sa manifestation annonçant le pire à venir dans ce nouveau tournoi...

Si les premiers combats dans cette VIIIème Guerre du Graal, font rage, certains participants de cette VIIIème Guerre du Graal peuvent commencer à se demander quel est le but des Yggdmillennia, supervisant Kyoto, dont le chef de file, Darnic Prestone est à l'origine de ce nouveau Graal.

Voici les Yggdmillennia venant récupérer la dépouille d'un Master tombé, cherchant à recruter d'autres membres. Tout semble bien indiqué qu'en plus de devoir veiller à l'ordre dans Kyoto, ils comptent bien avoir la main mise sur cette guerre et sur le Graal. Mais dans tout ceci, certains ne pourraient pas vouloir s'associer à eux mais plus vouloir leur chute.

De plus le jeu mené par Avenger pourrait venir semer le chaos dans les plans des Yggdmillennia. Alors que celui que l'on considère comme l'incarnation de tous les maux, qui était dans le Graal et à l'origine de sa corruption est apparu à Kirei Kotomine et dévoile peu à peu ses motifs. L'apparition de réminiscences d'anciens Masters est de son fait, mais nul ne sait encore pourquoi et dans quel but Avenger les a fait apparraître. Si ces Masters ne se sont pas encore montrés, Gilles de Ray, le Servant d'un d'entre eux s'est manifesté, s'attaquant à Nero et Suleiman et leurs Masters, les obligeant à interrompre leur combat pour s'opposer à lui...